Il est né en 1953 dans le village de Jangalak, dans la vallée du Panshir en Afghanistan, fils d'un officier supérieur de la monarchie afghane. Il appartient à l'ethnie Tadjik. Il a suivi ses études au lycée français Isteqlal de Kaboul, où il a appris le français, avant de faire des études d'ingénieur du génie civil à l'École polytechnique de Kaboul.
Convaincu de la nécessité de s'opposer aux ingérences des puissances étrangères dans son pays et de préserver l'identité de celui-ci, il rejoint la résistance et la clandestinité en 1973, dès le coup d'État fomenté par le prince Mohammed Daoud Khan. Pendant cinq années, il fait le coup de feu en compagnie d'une petite centaine d'hommes, armés de fusils datant du début du XXe siècle.
Les communistes prennent officiellement le pouvoir en 1978. En 1984, au plus fort de la guerre contre les troupes soviétiques, Ahmed Shah Massoud crée et prend la tête du « Conseil de surveillance ». Ce conseil va vite devenir le véritable centre politique de tout le nord de l'Afghanistan : au total, son influence s'étend sur 15 des 29 provinces afghanes, avec des attributions très larges comprenant : affaires politiques, administratives et militaires. Durant les années 1980, son action résistante est secrètement financée par l'Opération Cyclone de la CIA.
Massoud se distingue par ses compétences de tacticien et de stratège, et il est le seul chef de la Résistance à avoir jamais réussi à imposer une trêve avec l'Armée rouge en échange de son retrait. Il négocie alors directement avec Iouri Andropov, un des plus fameux directeurs du KGB et Secrétaire général du Comité central du Parti communiste de l'Union soviétique entre novembre 1982 et février 1984.
Le 9 avril 1992, Ahmad Shah Massoud entre dans Kaboul avec plusieurs milliers d'hommes et devient ministre de la Défense en mai. Le 28 juin, Burhanuddin Rabbani, islamiste modéré du Jamiat-e-Islami, est nommé président intérimaire, puis élu chef du gouvernement en décembre. De 1992 à 1995, un gouvernement issu de la résistance afghane prend le pouvoir, mais il y a des dissidences internes. Massoud est exclu du gouvernement afin de permettre à Gulbuddin Hekmatyar, un fondamentaliste appartenant à l'ethnie pachtoune, majoritaire dans le pays, de devenir Premier ministre. Mais les affrontements continuent entre les Talibans, les forces du gouvernement commandées par Massoud et les groupuscules moudjahidins de nombreux chefs de guerres.
De 1994 à 1996, soutenus par l'armée pakistanaise, les talibans conquièrent l'essentiel de l'Afghanistan et instaurent une dictature fondamentaliste. Le 27 septembre 1996, ils prennent Kaboul, et le mollah Omar, chef charismatique du mouvement et « Commandeur des Croyants », prend le contrôle du pouvoir.
Indépendant et opposé aux extrémistes religieux ou politiques, Massoud entretient des relations tumultueuses avec les Pakistanais, les Américains, les Saoudiens, et les tendances pro-iraniennes ou pro-saoudiennes de son propre parti, le Jamiat-Islami. Les Américains ne lui font pas confiance, et leur politique internationale vise à soutenir les autorités du Pakistan, qui eux-mêmes soutiennent les Talibans. Les puissances étrangères lui retirent petit à petit leur soutien logistique ou matériel, mais Massoud parvient néanmoins à repousser les offensives talibanes sur son fief du Panjshir.
Le 2 juillet 2000, il reçoit une délégation de femmes dans la vallée du Panshir et signe la Charte des droits fondamentaux de la femme afghane, rédigée et promulguée quelques jours plus tôt à Douchanbé (Tadjikistan) par des Afghanes en exil, à l'initiative de l'association NEGAR-Soutien aux femmes d'Afghanistan. Il est invité en avril 2001 au Parlement européen de Strasbourg, à l'initiative de Nicole Fontaine, alors Présidente du Parlement. Il y dénonce les ingérences étrangères et sollicite une aide financière pour répondre aux nécessités des familles fuyant le régime taliban et réfugiées dans la vallée du Panjshir.
